蒸发式冷凝器的冷却水系统在长时间使用之后，水蒸发，造成水中的杂志含量浓度升高，微生物的繁殖等，会造成冷却盘管表面的水垢增多，挡水板和镀铝锌板表面的覆盖杂质增多，造成冷却效率降低，散热满，以及设备的腐蚀，降低蒸发式冷凝器的使用寿命。
 
       (1. 降低换热的效率：蒸发式冷凝器的散热主要是通过冷却盘管向外传递热量，在无垢的时候传递出来的热量可以直接跟空气和水进行热交换，如果结垢严重，热量还要透过水垢在把热量传递给空气和水。水垢的热传递效率非常低，在时间内温度降不下来，就会影响工业生产。
       (2.水垢腐蚀：冷却盘管长期收到水垢的影响，不仅会影响散热，还会腐蚀不锈钢管或者是铜管。根据对比，在有水垢的时候比无垢的时候腐蚀速度可以提高2倍。
       (3.微生物腐蚀外壳：长期微生物生长迅速，会逐渐的覆盖蒸发式冷凝器的内壁，微生物会提高杂志的凝聚状态， 不仅难清理，还会产生弱酸性物质腐蚀外壳的内壁。长期使用，原本使用10年的蒸发式冷凝器就只能使用5年了。